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良く見ると libtool て build 側で生成するもんみたいね。頭の方に "# Generated automatically by (GNU uim 1.1.0)" とか書いてあるのがちょっとワロタ。
そんなわけでとりあえず、はい。

jun@debian /dvl/uim/org/trunk
$ libtoolize --version
libtoolize (GNU libtool) 1.5.6

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追記: 実際に export する symbol は libuim.exp に入れられるので、それの生成部分 (C-s で簡単に見つかる) に code 仕込んで $export_symbols_regex がちゃんと設定されてるか確認しては。